Tiếng Indonesia được viết nhờ sử dụng bảng chữ cái Latinh. Nó hợp lý ngữ âm hơn so với nhiều ngôn ngữ - mức độ tương ứng giữa âm và dạng viết nói chung rất chuẩn mực.

Các phụ âm được đại diện ở một mức độ nào đó tương tự như tiếng Ý, Mặc dù ‹c› luôn luôn là /tʃ/ (như ‹ch› của tiếng Anh), ‹g› luôn luôn là /ɡ/ ("hard") và ‹j› đại diện cho /dʒ/ tương tự như trong tiếng Anh. Thêm vào đó, ‹ny› đại diện cho âm mũi vòm miệng /ɲ/, ‹ng› được sử dụng cho âm velar mũi /ŋ/ (có thể xảy ra khởi tạo từ), ‹sy› cho /ʃ/ (‹sh› của tiếng Anh) và ‹kh› cho voiceless velar fricative /x/. Cả hai /e/ và /ə/ đều được đại diện bởi ‹e›.

Một nguồn gốc chung làm người đọc nước ngoài lúng túng, đặc biệt là khi đọc địa danh, là các thay đổi đánh vần trong ngôn ngữ xảy ra từ khi Indonesia độc lập. Các thay đổi dùng phổ biến bao gồm:

Cái đầu tiên trong các thay đổi này (‹oe› thành ‹u›) đã từng xảy ra xung quanh thời điểm độc lập vào năm 1947; tất cả những cái khác là một bộ phận của cuộc cải cách đánh vần được ủy trị chính thức vào năm 1972. Một vài đánh vần cũ (phái sinh từ chính tả tiếng Hà Lan) sống sót ở trong các tên riêng vốn có; ví dụ, tên của cựu tổng thống Indonesia thỉnh thoảng vẫn còn được viết là Soeharto, và thành phố Trung Java của Yogyakarta thỉnh thoảng được viết là Jogjakarta.